Thanh tra thuế kiểm tra những gì? Trọn bộ hồ sơ doanh nghiệp cần chuẩn bị

Thanh tra thuế kiểm tra những gì? Trọn bộ hồ sơ doanh nghiệp cần chuẩn bị? Thanh tra, quyết toán thuế luôn là một “bài toán” đầy áp lực đối với ban lãnh đạo và bộ phận kế toán.

Đặc biệt trong bối cảnh pháp luật thuế liên tục thay đổi và cơ quan nhà nước đẩy mạnh số hóa, việc hiểu rõ đoàn thanh tra thuế kiểm tra những gì chính là chìa khóa để doanh nghiệp chủ động bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình.

Cùng chuyên gia tại Truecore cập nhật ngay những trọng điểm kiểm tra và danh mục hồ sơ cốt lõi doanh nghiệp cần chuẩn bị để tránh rủi ro bị xuất toán chi phí hay phạt vi phạm hành chính.

1/ Bối cảnh thanh tra, kiểm tra thuế: Số hóa toàn diện

– Hiện nay, cơ quan thuế áp dụng triệt để phương pháp “Thanh tra dựa trên rủi ro”. Điều này có nghĩa là, trước khi có quyết định xuống làm việc trực tiếp tại trụ sở công ty, cơ quan thuế đã nắm trong tay toàn bộ dữ liệu của bạn thông qua hệ thống Hóa đơn điện tử, dữ liệu liên thông từ Ngân hàng, Cơ quan Hải quan và Bảo hiểm xã hội.

– Sự can thiệp của AI (Trí tuệ nhân tạo) và Big Data giúp cơ quan chức năng dễ dàng khoanh vùng các doanh nghiệp có dấu hiệu bất thường để tiến hành thanh tra sâu.

2/ Mục đích của việc thanh tra thuế, kiểm tra thuế là gì?

Căn cứ vào Quyết định 1404/QĐ-TCT năm 2015 và Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023, cơ quan Thuế xác định mục đích cốt lõi của hoạt động này như sau:

Đối với thanh tra thuế:

• Chuẩn hóa quy trình: Chuẩn hóa các nội dung công việc trong hoạt động thanh tra, đảm bảo sự thống nhất từ Tổng cục Thuế đến các Cục Thuế địa phương.

• Đúng pháp luật: Đảm bảo hoạt động thanh tra thực hiện đúng quy định, đáp ứng yêu cầu cải cách và hiện đại hóa ngành thuế.

• Minh bạch hóa: Nâng cao năng lực hoạt động, đảm bảo tính khách quan, công khai và minh bạch trong công tác quản lý.

Đối với kiểm tra thuế:

• Ngăn chặn vi phạm: Tăng cường kiểm tra dựa trên cơ chế quản lý rủi ro và ứng dụng CNTT để phát hiện, xử lý kịp thời các hành vi trục lợi, chống thất thu thuế.

• Nâng cao tính tự giác: Thúc đẩy người nộp thuế tự giác tuân thủ các quy định pháp luật về thuế.

• Hỗ trợ doanh nghiệp: Thực hiện cải cách hành chính, tạo điều kiện thuận lợi nhất để doanh nghiệp phát triển sản xuất, kinh doanh hàng hóa và dịch vụ.

3/ Quy trình thanh tra, kiểm tra thuế mới nhất hiện nay

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ hai hình thức này để có sự chuẩn bị tương ứng:

Quy trình thanh tra thuế (Theo Quyết định 1404/QĐ-TCT)

Thường áp dụng cho các doanh nghiệp có quy mô lớn, tính chất phức tạp hoặc có dấu hiệu vi phạm rõ ràng.

• Giai đoạn 1: Chuẩn bị & Quyết định: Tập hợp tài liệu, phân tích nội dung -> Ban hành quyết định -> Thông báo công bố quyết định.

• Giai đoạn 2: Tiến hành: Công bố quyết định tại trụ sở doanh nghiệp -> Thực hiện kiểm tra thực tế -> Lập biên bản thanh tra.

Quy trình kiểm tra thuế (Theo Quyết định 970/QĐ-TCT mới nhất)

Điểm mới từ năm 2023 là việc lựa chọn doanh nghiệp dựa trên xếp hạng rủi ro từ cao xuống thấp hoặc doanh nghiệp đã quá 05 năm chưa được kiểm tra.

Giai đoạn 1: Chuẩn bị tại trụ sở:

• Ban hành quyết định và gửi cho doanh nghiệp chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ban hành.
• Trường hợp doanh nghiệp chứng minh được số thuế khai là đúng và nộp đủ, quyết định có thể được bãi bỏ hoặc hoãn.

Lưu ý: Nếu doanh nghiệp cố tình trốn tránh, cơ quan thuế sẽ lập biên bản vi phạm hành chính (theo Nghị định 125) và thực hiện ấn định thuế (theo Nghị định 126).

Giai đoạn 2: Tiến hành tại trụ sở:

• Công bố quyết định -> Thực hiện kiểm tra -> Lập biên bản -> Xử lý kết quả.
• Xu hướng mới: Nếu hạ tầng CNTT đáp ứng, đoàn kiểm tra có thể làm việc qua phương thức điện tử hoặc trực tuyến, giúp tiết kiệm thời gian cho cả hai bên.

Thanh tra thuế kiểm tra những gì?

Đoàn thanh tra sẽ rà soát toàn diện hệ thống kế toán, nhưng sẽ tập trung soi chiếu cực kỳ kỹ lưỡng vào 5 điểm nóng sau đây:

Rà soát rủi ro hóa đơn điện tử bằng AI và Big Data

Cơ quan thuế không chỉ xem hóa đơn của bạn lập có đúng hình thức hay không, mà đánh giá toàn bộ chuỗi cung ứng:

• Kiểm tra chéo tự động: Hệ thống tự động đối chiếu hóa đơn đầu vào của bạn với tình trạng hoạt động của nhà cung cấp. Nếu đối tác nằm trong danh sách “doanh nghiệp bỏ trốn” hoặc “rủi ro cao về hóa đơn”, chi phí của bạn sẽ lập tức bị yêu cầu giải trình và có nguy cơ bị loại bỏ.

• Kiểm tra tính logic nghiệp vụ: Đánh giá sự phù hợp giữa lượng hàng hóa mua vào/bán ra với các chi phí phụ trợ như phí vận chuyển, kho bãi, nhân công.

Thuế GTGT và Thuế TNDN (Đặc biệt lưu ý mốc 5 triệu đồng)

Trọng tâm là việc xác định đúng Doanh thu tính thuế và các khoản Chi phí hợp lý được trừ.

• Về Doanh thu: Cơ quan thuế rà soát để đảm bảo doanh nghiệp không giấu doanh thu, xuất hóa đơn đúng thời điểm và không bỏ sót các khoản xuất tiêu dùng nội bộ, hàng biếu tặng.

• Về Chi phí được trừ (Quy định mới 2026): Để một khoản chi được khấu trừ thuế GTGT và tính vào chi phí TNDN, nó phải có đầy đủ chứng từ hợp pháp.

• Đặc biệt lưu ý: Theo quy định hiện hành, mọi khoản chi mua sắm từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) bắt buộc phải thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản). Việc chia nhỏ hóa đơn dưới 5 triệu nhưng cộng dồn mua cùng 1 nhà cung cấp trong ngày đạt mức 5 triệu vẫn bắt buộc phải chuyển khoản.

Chi phí tiền lương và Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN)

Dữ liệu giữa Cơ quan Thuế và Bảo hiểm Xã hội (BHXH) đã được liên thông chặt chẽ.

• Thanh tra sẽ kiểm tra sự khớp đúng giữa chi phí tiền lương trên báo cáo tài chính, tờ khai quyết toán thuế TNCN và dữ liệu đóng BHXH.

• Rà soát hồ sơ người phụ thuộc, các khoản phụ cấp, trợ cấp xem có bị lách thuế TNCN hay không.

• Cập nhật: Việc chi trả tiền lương, thưởng cho người lao động từ mức 5 triệu đồng trở lên/tháng hiện nay cũng bắt buộc phải chuyển khoản qua ngân hàng để được ghi nhận là chi phí hợp lý.

Kiểm soát khắt khe kinh doanh Thương mại điện tử

Nếu doanh nghiệp kinh doanh trên các sàn TMĐT (Shopee, TikTok Shop…) hoặc chạy quảng cáo quốc tế:

• Cơ quan thuế sẽ đối chiếu doanh thu kê khai với dữ liệu do các sàn TMĐT cung cấp và dòng tiền thực tế chuyển về tài khoản ngân hàng.

• Kiểm tra việc kê khai, nộp thay Thuế nhà thầu nước ngoài đối với chi phí chạy quảng cáo (Facebook, Google) hoặc mua phần mềm quốc tế.

Chống chuyển giá và Thuế tối thiểu toàn cầu

Với doanh nghiệp FDI hoặc công ty có giao dịch liên kết:

• Kiểm tra mức khống chế chi phí lãi vay (không vượt 30% EBITDA).

• Yêu cầu giải trình hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết để chứng minh các khoản phí quản lý, phí bản quyền tuân thủ nguyên tắc giá thị trường độc lập.

• Rà soát việc áp dụng Thuế tối thiểu toàn cầu (15%) đối với các tập đoàn đa quốc gia.

4/ Danh mục hồ sơ quyết toán doanh nghiệp nhất định phải chuẩn bị

Để quá trình làm việc diễn ra trơn tru, doanh nghiệp cần chuẩn bị sẵn một bộ hồ sơ minh bạch, sắp xếp khoa học theo các nhóm sau:

Nhóm hồ sơ chứng minh tính “thực tế” của giao dịch

Trong bối cảnh hóa đơn mua bán dễ dàng bị làm giả, bạn phải chứng minh nghiệp vụ là có thật:

• Nguyên tắc “Kẹp chứng từ”: Hóa đơn phải luôn đi kèm với Hợp đồng kinh tế, Biên bản bàn giao/Nghiệm thu, và Phiếu nhập/xuất kho.

• Bằng chứng củng cố: Cần lưu trữ thêm biên bản kiểm tra chất lượng, phiếu cân xe, lộ trình vận chuyển GPS, email trao đổi công việc, hình ảnh/video nghiệm thu đối với các hợp đồng lớn.

Nhóm chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

• Sổ phụ ngân hàng, sao kê chi tiết từng tài khoản ngân hàng của công ty trong các năm thanh tra.

• Ủy nhiệm chi, giấy báo nợ chứng minh đã thanh toán chuyển khoản cho mọi khoản chi (mua hàng, trả lương) từ 5 triệu đồng trở lên.

• Biên bản đối chiếu, cấn trừ công nợ hợp lệ (được quy định rõ trong hợp đồng).

Nhóm sổ sách kế toán và báo cáo định kỳ

• Sổ cái và sổ chi tiết các tài khoản (đã in, đóng quyển, ký và đóng dấu đầy đủ). Chú ý các tài khoản trọng yếu: Tiền mặt, Ngân hàng, Công nợ (131, 331), Hàng tồn kho (152, 156), Tài sản cố định (211).

• Bảng tổng hợp Nhập – Xuất – Tồn; Bảng trích khấu hao; Bảng phân bổ công cụ dụng cụ.

• Báo cáo tài chính, Tờ khai thuế các kỳ, Báo cáo kiểm toán độc lập (nếu có).

Nhóm hồ sơ nhân sự, tiền lương và pháp lý

• Giấy đăng ký kinh doanh, Điều lệ công ty, Quy chế tài chính/lương thưởng.

• Hợp đồng lao động, CMND/CCCD của nhân viên.

• Bảng chấm công, bảng lương có đủ chữ ký (hoặc ủy nhiệm chi trả lương qua ngân hàng).

• Chứng từ nộp BHXH, hồ sơ giảm trừ gia cảnh người phụ thuộc.

• Định mức tiêu hao nguyên vật liệu (đối với doanh nghiệp sản xuất/xây dựng).

5/ Đồng hành cùng Truecore – Tự tin vượt qua mọi kỳ thanh tra thuế

Việc tự mình rà soát hàng ngàn chứng từ qua nhiều năm tài chính rất dễ dẫn đến sai sót và bỏ lọt rủi ro. Với sự tư vấn từ các chuyên gia thuế và kiểm toán viên giàu kinh nghiệm, Truecore cung cấp dịch vụ rà soát sổ sách và hỗ trợ quyết toán thuế toàn diện.

Chúng tôi sẽ giúp doanh nghiệp:

• Đóng vai trò như một “đoàn thanh tra nội bộ” để rà soát trước toàn bộ hệ thống số liệu, hóa đơn.

• Đưa ra phương án khắc phục, bổ sung chứng từ hợp lý hợp lệ trước khi cơ quan thuế xuống kiểm tra.

• Đại diện doanh nghiệp giải trình trực tiếp, bảo vệ tối đa các khoản chi phí và lợi ích hợp pháp của công ty.

Hiểu rõ thanh tra thuế kiểm tra những gì và chủ động chuẩn bị một hệ thống sổ sách đồng bộ, minh bạch chính là chiếc “khiên” vững chắc nhất của mọi doanh nghiệp. Đừng để đến khi nhận được quyết định thanh tra mới bắt đầu xử lý chứng từ.

Liên hệ ngay với Truecore để được tư vấn các giải pháp kế toán, thuế an toàn và tối ưu nhất trong năm 2026!